O que é EXOMA

O genoma humano, composto por cerca de 3.4 bilhões de bases, tem uma pequena porção (1% a 2%) que é funcionalmente importante e é chamada de EXOMA. Esta porção do genoma, apesar de pequena, é sede de 85% das mutações que causam doenças genéticas humanas. A porção restante do genoma não tem ainda função bem definida.

O EXOMA é o conjunto de aproximadamente 200.000 exons que codificam os genes que, por sua vez, determinam a produção das proteínas, responsáveis pelo funcionamento correto do nosso organismo.

Erros na sequência de bases do DNA dos exons alteram o funcionamento dos genes e estão associados a doenças genéticas.

O Sequenciamento Completo do EXOMA, é o mais eficiente teste da medicina diagnóstica laboratorial para doenças genéticas causadas por mutações gênicas, ou seja, por mutações na sequência do DNA (diferentes das doenças causadas por deleção ou duplicação cromossômica, nas quais há falta, ou excesso, de DNA). Ele permite testar, de uma só vez, simultaneamente, todos os 200.000 exons dos mais de 20.000 genes humanos, dentre os quais 3.315 genes estão sabidamente associados a doenças genéticas. 

Em geral, o indicado é realizar o sequenciamento do EXOMA após o teste array CGH ter excluído a presença de microdeleções ou microduplicações cromossômicas.

Sequenciamento do EXOMA deve ser solicitado:

a) Quando já se realizou separadamente o teste array CGH/array SNP e não apresentou alteração cromossômica.   

b) Quando o teste QF-PCR / SNParray em amostra fetal não mostrou alteração cromossômica que explicasse a perda da gravidez, motivando continuar a busca, agora por mutações gênicas.

c) Quando os dados clínicos não permitem estabelecer o gene responsável por uma doença genética específica.

d) Quando o quadro clínico poderia ser causado por mutação em um gene que é parte de um conjunto associado a doenças conhecidas como Doença de Charcot-Marie-Tooth, retinose pigmentar, síndromes de morte súbita familial, surdez e doenças mitocondriais.

e) Mesmo quando a suspeita clínica é de uma doença causada por mutação em um gene de um grupo pequeno (esclerose tuberosa, doença policística dos rins etc.), o teste do EXOMA pode ainda ser custo-efetivo.

f) Quando a amostra biológica disponível para análise contém muito pouco DNA, o teste do EXOMA, com técnica de Sequenciamento de Nova Geração, é ideal porque necessita de menos DNA que o Sequenciamento Convencional, gene-a-gene, pelo método de Sanger. Exemplos de situações com pouco DNA disponível para análise incluem exames em bebês prematuros, estudos no período pré-natal (em amostra de líquido amniótico) ou ainda estudos post-mortem (em amostras de perda fetal, restos ovulares/placentários, fragmento de cordão umbilical fresco ou antigo, tecidos secos, etc).

O sequenciamento do EXOMA evita a necessidade de se definir um gene alvo para ser testado isoladamente pois, em teoria, estuda todos os exons de todos os genes humanos, usando a técnica de NGS - Sequenciamento de Nova Geração.

A taxa de sucesso diagnóstico de 25% do Sequenciamento Completo do EXOMA é a maior no campo dos testes genéticos, comparada com o cariótipo (5% a 15%), análise array CGH (15% a 20%) e por comparação também ao sequenciamento de Sanger, cujo sucesso diagnóstico é de 25%, mas depende de se “escolher” o gene certo para estudar.

A capacidade diagnóstica no sequenciamento do EXOMA é ainda maior, chegando a 35%, em grupos de pacientes não-sindrômicos, com atraso intelectual, atraso de desenvolvimento ou problemas neurológicos de movimento.

Na prática, há algumas situações em que o sequenciamento do EXOMA não é capaz de identificar a mutação e o gene responsável. Limitações técnicas atuais podem não permitir sequenciar, com alta cobertura, 100% dos exons.

Assim, pode ser possível não identificar a mutação e o gene responsável:

  • Quando se tratar de uma mutação por deleção ou duplicação de todo o gene. Isso inclui síndromes de microdeleção e de microduplicação cromossômica e também trissomias (todas estas detectáveis por testes cromossômicos de alta definição em arrays). Translocações balanceadas também não são detectadas pelo teste do EXOMA mas, na grande maioria das vezes, não estão associadas a doenças.
  • Quando se tratar de uma mutação por deleção de parte de um gene, com tamanho superior a 8-10 pares de base. Deleções pequenas podem ser detectadas, ou não, dependendo das circunstâncias, e estão associadas com uma taxa maior de falso-positivos;
  • Quando se tratar de uma mutação por expansão de um microssatélite;
  • Quando se tratar de uma mutação que não esteja localizada em um exon (por exemplo, uma mutação intrônica);
  • Quando se tratar de uma mutação em um gene cujos exons não sejam capturados pelo filtro ou que sejam capturados em baixa eficiência;
  • Quando se tratar de uma doença associada a mutações em dois genes diferentes (herança digênica);
  • Quando se tratar de uma alteração epigenética.           

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